Pendant l'été 1793, les rois de l'Europe coalisée menacent l'Europe. Bonaparte publie un livre qui se nomme " le souper de Beaucaire", avec cet ouvrage il prend parti pour le mouvement politique des jacobins, se défiant aux masses populaires qu'il a vues à l'oeuvre à paris en 1792 durant les révoltes du peuple. Il est nommé chef d'artillerie et il doit faire ses preuves lors du siège de la ville de Toulon, ville livrée aux Anglais. Bonaparte joua statiquement et prudemment la partie, il fit tonner le canon judicieusement et efficacement, la ville de Toulon fut prise aux Anglais le 17 décembre 1793. Ayant fait preuve de courage et de détermination, il est nommé général de Brigade par le comité de salut public pour lequel il a acquis une confiance solide et généreuse.
Il est âgé de vingt-quatre ans lors de cette gradation. En mars 1794, il devient commandant d'artillerie de l'armée d'Italie et il devient par la même occasion le protégé de Robespierre. Après la chute de ce dernier, le 9 thermidor, il est mis en Etat d'arrestation avant d'être rapidement innocenté et libéré. Le 13 vendémiaire an VI (5 octobre 1795), il est chargé par Barras de réprimer l'insurrection royaliste de Paris dirigé contre le Directoire. En récompense, il est nommé général de division et commandant de l'armée de l'Intérieur. Pendant cette époque de gloire et de récompense, il rencontre Joséphine de Beauharnais, une créole veuve d'un général guillotiné et mère de deux enfants, il l'épouse le 8 mars 1796.