Les membres du directoire sont inquiets, la popularité et la renommée de Bonaparte est fleurissant, elle ne cesse de s'accroître. Il cherche à éloigner Bonaparte de Paris tout en utilisant ses talents militaires pour couper la route des Indes britanniques. Ils le nomment alors à la tête de l'expédition d'Egypte qui a lieu en mai 1798. Sur les traces de son rêve oriental, bercé par le souvenir D'Alexandre le Grand, il arrive à contrôler le pays en remportant la bataille des Pyramides le 21 juillet 1798. Libérateur du Joug Mamelouk, il s'applique à apparaître comme un administrateur consciencieux, tout en respectant les pratiques religieuses de ce pays, s'associant aux notables locaux, désireux de redonner à l'Egypte l'image de son histoire, celle que redécouvre l'expédition scientifique qu'il entraîne avec lui. Mais le général anglais Nelson, en détruisant la flotte française à Aboukir en août 1798, cela contraint Bonaparte à faire route vers la Syrie, mais une épidémie de peste l'arrête devant Saint Jean d'Acre et, apprenant les revers du Directoire en Italie et la confusion qui règne en France, Bonaparte débarque à Fréjus le 8 octobre 1799 et regagne Paris.
Dans la capitale française, les Jacobins (Sieyès, Talleyrand, Fouché, Murat et Lucien Bonaparte, son frère) cherchent à sauvegarder les principes de la Révolution de 1789. Pour cela, ces conjurés s'apprêtent a commettre un coup d'Etat: il ne leur manque qu'un sabre pour assurer avec autorité le retour au calme.